Après que sa mère a gagné un voyage gratuit vers les îles, le dresseur Satoshi et son partenaire Pikachu se rendent sur l'île de Melemele, dans la magnifique région d'Alola, peuplée de nouveaux Pokémon et même de variantes régionales de Pokémon familiers. Impatients d'explorer l'île, Satoshi et Pikachu courent avec excitation, se perdant rapidement en poursuivant un Pokémon. Le duo tombe finalement sur l'École de Pokémon, une institution où les étudiants viennent en apprendre davantage sur ces fascinantes créatures.
À l'école, alors que Satoshi et l'un des étudiants (Kaki, qui ne plaisante pas) se heurtent aux voyous malfaisants de la Team Skull, il découvre la puissance écrasante des Z-Moves, des attaques puissantes originaires de la région d'Alola qui exigent une synchronisation parfaite entre le dresseur et son Pokémon. Plus tard dans la nuit, lui et Pikachu rencontrent le Pokémon divin gardien de l'île de Melemele, le mystérieux Kapu Kokeko. Ce Pokémon légendaire leur offre un Z-Ring, un outil nécessaire pour utiliser les Z-Moves. Ébloui par leur combat précédent et désormais en possession d'un Z-Ring, Satoshi et Pikachu décident de rester dans la région d'Alola pour apprendre et maîtriser la puissance de ces nouvelles attaques redoutables.
S'inscrivant à l'École de Pokémon, Satoshi est rejoint par des camarades de classe tels que Lillie, qui adore les Pokémon mais ne peut se résoudre à les toucher, Kaki, et bien d'autres. Entre les cours, repousser l'agaçante Team Rocket (qui s'est elle-même rendue en Alola pour préparer le terrain aux futurs plans de son organisation) et relever le Défi de l'Île nécessaire pour maîtriser les Z-Moves, Satoshi et Pikachu s'apprêtent à vivre une nouvelle aventure passionnante.
