Après avoir conclu son périple à travers la région de Hoenn, Satoshi se rend à Sinnoh pour poursuivre son rêve de devenir un Maître Pokémon. À peine arrivé, la Team Rocket tente une nouvelle fois, sans succès, de voler Pikachu, mais cette fois-ci, Pikachu se perd au fin fond d'une forêt, obligeant Satoshi à le chercher. En chemin, il retrouve Takeshi, un éleveur Pokémon qui l'a accompagné dans plusieurs régions, et rencontre son futur rival, Shinji, un dresseur obsédé par la puissance qui se soucie peu des sentiments de ses Pokémon.
Toujours à la recherche de Pikachu, Satoshi aperçoit au loin une puissante attaque électrique et se précipite pour découvrir Pikachu aux côtés de la Team Rocket et de Hikari, une novice qui aspire à devenir la meilleure coordinatrice Pokémon. Après avoir déjoué le plan de la Team Rocket, Satoshi retrouve Pikachu, et Hikari décide de se joindre à leur groupe. Ainsi, Satoshi et ses compagnons se lancent dans leur aventure à travers la vibrante région de Sinnoh.