Synopsis
Après la fermeture du très populaire MMORPG de réalité virtuelle The World, sa suite, The World R:2, est lancée en ligne. Lors de ses débuts, le joueur novice Haseo croit avoir trouvé des compagnons pour ses aventures, mais son avatar est tué par eux pour s'amuser. Haseo est secouru par Ovan, qui n'a qu'un seul bras et qui est énigmatique, et qui accepte de le guider dans le jeu. Haseo passe une première année heureuse en compagnie d'Ovan et de Shino, qui pratique la classe de clerc. Cependant, la tranquillité est brisée lorsque le personnage de Shino est vaincu par Tri-Edge, une figure notoire dont les attaques plongent les victimes dans le coma dans le monde réel. Furieux, Haseo jure de traquer et de détruire Tri-Edge. Se déroulant pendant la première année de Haseo dans The World, .hack//Roots explore les liens qu'il a forgés avant que Tri-Edge ne les détruise.