Por volta de 2119, a nave Green Sleeves descobriu que três planetas haviam sido atacados por X23, um planeta senciente em rota de colisão com a Terra. Quando o governo da Terra ordenou que o Green Sleeves atacasse X23, seu capitão, Dr. Sugita, recusou, argumentando que a coexistência pacífica era possível. Pouco depois, o contato com a nave foi perdido. Dois anos depois, em 2121, Susumu, filho do Dr. Sugita, é abordado por indivíduos misteriosos que o levam ao Dr. Miya, um dos raros apoiadores da posição de seu pai, já que a maior parte da sociedade via o Dr. Sugita como um traidor. O Dr. Miya insta Susumu a se alistar no White Pegasus, uma unidade especializada de resgate médico equipada com um Sistema Micronizer que encolhe seres humanos para tratar doenças internamente. Quando X23 finalmente entra em alcance visual, os habitantes alienígenas conhecidos como Hues selecionam uma pessoa amiga de Susumu como primeiro alvo. Susumu e seus camaradas do White Pegasus conseguem derrotar os Hues dentro do corpo dessa pessoa amiga, apenas para Susumu descobrir que os sinais emitidos pelos chips dentro dos Hues são, na verdade, uma música composta por ele mesmo e sua mãe, destinada como presente para o Dr. Sugita.
