Après avoir terminé leur voyage à l'intérieur du livre enchanté L'Univers des Quatre Dieux, Miaka Yuuki et Yui Hongo retournent à leur vie normale, à une exception près : lorsqu'elle revient dans le monde réel, Miaka est autorisée à ramener son bien-aimé Tamahome avec elle.
Cependant, de nouvelles difficultés menacent bientôt le bonheur durement gagné du couple. Alors qu'ils visitent les tombes des deux autres filles qui avaient également voyagé dans L'Univers des Quatre Dieux, Tamahome est englouti par une lumière rouge et disparaît sous les yeux de Miaka. Son frère Keisuke et son meilleur ami Tetsuya Kajiwara sont témoins de cet étrange événement et décident d'aider Miaka, le cœur brisé, à retrouver son petit ami.
Pendant ce temps, Tamahome est ramené dans le livre, pour apprendre que cinquante années se sont écoulées depuis son départ. À son grand choc, il découvre que son identité a été échangée avec celle de son ancien ennemi Nakago. Les deux amoureux surmonteront-ils ces obstacles pour se retrouver, ou sont-ils destinés à rester séparés pour toujours ?
Les Guerriers Célestes des dieux Suzaku et Seiryuu, accompagnés de leurs prêtresses Miaka Yuuki et Yui Hongo, se voient offrir un voyage en bus vers une station thermale spéciale pour se détendre. Malgré le long trajet, le groupe animé s'amuse en se jouant des tours, totalement inconscients de la surprise qui les attend à destination.