Après la guerre apocalyptique connue sous le nom d'Armageddon, l'humanité rencontre une nouvelle menace : les vampires. Les conflits persistants entre les deux espèces ont divisé le monde en factions distinctes. La race vampire, appelée Methuselah, s'aligne sur le Nouvel Empire Humain, tandis que les humains — appelés Terrans par les vampires — forment l'État papal du Vatican. De plus, des organisations extrémistes comme l'Ordre Rosenkreuz cherchent à relancer les hostilités, même si les factions tentent d'éviter les conflits ouverts.
Pour contrer les groupes terroristes, le Vatican met en place l'unité AX. Sous la direction de la cardinale Caterina Sforza, les agents de l'AX enquêtent sur les incidents liés aux vampires, dans l'espoir d'une coexistence pacifique éventuelle entre Terrans et Methuselah. Parmi l'unité se trouve le prêtre Abel Nightroad — un homme apparemment distrait mais au cœur tendre, qui devient un redoutable chasseur de vampires au combat. Il est associé à l'agente sœur Esther Blanchett, une jeune nonne courageuse et douce, accablée par un passé tragique. Alors que le duo se rapproche, ils commencent à découvrir des indices de complots sinistres et de forces obscures opérant en secret. Cependant, leur voyage est semé de malheurs qui pourraient les obliger à faire face aux souvenirs douloureux qui hantent leur cœur.