Na empobrecida Vila Tison, situada no Império Parthevia, Sinbad nasce de Badr, um ex-soldado exausto, e de sua gentil esposa Esra. Seu nascimento emite uma onda radiante através do rukh, alertando os mais poderosos usuários de magia sobre a chegada da "Criança do Destino". Apesar de seu país sofrer com a escassez econômica e as cicatrizes da guerra, Sinbad vive uma infância feliz até que a chegada de um estranho rompe sua tranquilidade, desencadeando uma tragédia.
Anos mais tarde, estruturas misteriosas denominadas "dungeons" surgem espalhadas pelo mundo, com rumores de abrigarem tesouros e um poder imenso. Aventureiros e exércitos são atraídos por elas, mas nenhum jamais retorna. Agora com catorze anos, Sinbad tornou-se um jovem talentoso e encantador. Movido pelos eventos traumáticos de sua infância e pelos conselhos de seu pai, ele deseja explorar o mundo além de sua vila. Como se guiado pelo destino, Sinbad encontra o enigmático viajante Yunan. Tocado pela história e pelas ambições do jovem, Yunan o direciona a um dungeon que supostamente guarda o poder necessário para seus objetivos: o "poder de um rei". Magi: Sinbad no Bouken narra as primeiras etapas da jornada de Sinbad enquanto ele viaja pelo mundo, aprimorando suas habilidades e influência, reunindo aliados e força, com o destino de se tornar o Alto Rei dos Sete Mares.