Deux ans après la quatrième grande guerre des ninjas, Konohagakure profite de la paix et de l'harmonie — jusqu'à ce que le sixième Hokage, Kakashi Hatake, détecte que la Lune descend dangereusement vers la Terre, menaçant une destruction planétaire.
Au milieu de cette crise, un nouveau mal surgit : Toneri Ootsutsuki, qui kidnappe brusquement Hanabi, la sœur cadette d'Hinata Hyuuga. Kakashi envoie une équipe de ninjas talentueux composée de Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai et Hinata pour sauver Hanabi des griffes sinistres de Toneri. Cependant, l'équipe rencontre de nombreux obstacles lors de sa mission, qui font échouer leurs tentatives.
Avec l'enlèvement d'Hanabi, les liens qui unissent l'équipe sont mis à l'épreuve, et alors que le monde vacille au bord de l'anéantissement, ils doivent faire la course contre la montre pour sauver leur planète. Pendant ce temps, au fil de la bataille, Naruto se retrouve poussé à se battre pour quelque chose de plus grand qu'il n'aurait jamais imaginé : l'amour.