Chaque jour, Aya Asagiri songe au suicide. Elle subit un harcèlement incessant à l’école, et chez elle, son frère aîné Kaname la brutalise physiquement pour évacuer la pression scolaire que leur père exerce sur lui.
Un soir, alors qu’elle est éveillée en souhaitant la mort, un mystérieux site web nommé Magical Girl Site apparaît sur son ordinateur portable, lui proposant de lui accorder des pouvoirs magiques. Dans un premier temps, elle le prend pour une plaisanterie macabre, mais lorsqu’elle découvre le lendemain un pistolet magique dans son casier à chaussures, elle ne sait plus quoi penser. Décidant de le prendre avec elle, elle se retrouve bientôt face à ses harceleurs. Cette fois, désespérée au point de tout tenter pour s’en sortir, elle utilise l’arme – et ses agresseurs sont téléportés jusqu’à un passage à niveau tout proche, où ils sont percutés par un train.
La conscience d’Aya ne supporte pas d’avoir tué deux de ses camarades de classe par magie, et elle tente frénétiquement de comprendre ce qui se passe. Cependant, alors qu’elle se retrouve de nouveau en danger, elle est sauvée par Tsuyuno Yatsumura, camarade de classe capable d’arrêter le temps grâce à la magie. Ce duo a beaucoup à accomplir : non seulement elles doivent combattre aux côtés et contre d’autres filles magiques, mais aussi découvrir la vérité derrière le site web et l’imminente catastrophe apocalyptique appelée « The Tempest ».
