En juillet 1998, par une nuit sombre, l'adolescente Fujino Asagami est brutalement agressée et violée par un gang de rue à l'intérieur d'un bar abandonné. Peu importe la quantité de violence physique ou sexuelle qu'ils lui infligent, la fille répond avec la même expression vide et indifférente. Le lendemain, des corps mutilés sont découverts au même endroit, déchiquetés si violemment que les enquêteurs concluent que l'auteur ne peut pas être humain. Pendant ce temps, un client apporte une demande à l'agence de détective de Touko Aozaki, chargeant Shiki Ryougi de capturer ou de tuer le responsable du massacre de la nuit précédente. Bientôt, des rumeurs émergent selon lesquelles un seul survivant a échappé au carnage, et le meurtrier abat maintenant tout sur son passage pour traquer et éliminer ce témoin. Une course acharnée contre la montre commence, alors que Shiki fait face à un ennemi dangereux qui reste invisible même à ses yeux légendaires.

Dans cette partie

Après les événements de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi reste dans le coma pendant deux ans suite à un accident de la circulation. Lorsqu'elle reprend enfin connaissance, elle se retrouve sans aucun souvenir de son passé et est submergée par un profond sentiment d'isolement. Plus inquiétant encore, elle perçoit des lignes sombres autour des objets qui l'entourent ; toucher ces lignes lui permet de démanteler l'objet—une capacité qui l'effraie grandement. Son ami Mikiya Kokutou sollicite l'aide de Touko Aozaki, une mage qui peut aider Shiki à comprendre ce que ses yeux—les «Mystic Eyes of Death Perception»—impliquent réellement et comment les utiliser correctement.