Après les événements de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi reste dans le coma pendant deux ans suite à un accident de la circulation. Lorsqu'elle reprend enfin connaissance, elle se retrouve sans aucun souvenir de son passé et est submergée par un profond sentiment d'isolement. Plus inquiétant encore, elle perçoit des lignes sombres autour des objets qui l'entourent ; toucher ces lignes lui permet de démanteler l'objet—une capacité qui l'effraie grandement. Son ami Mikiya Kokutou sollicite l'aide de Touko Aozaki, une mage qui peut aider Shiki à comprendre ce que ses yeux—les «Mystic Eyes of Death Perception»—impliquent réellement et comment les utiliser correctement.

Dans cette partie

En novembre 1998, un double meurtre a lieu dans le complexe d'appartements Ogawa, nouvellement construit, au centre de la ville de Mifune. Tomoe Enjou, l'auteur du meurtre, s'enfuit paniqué. À sa surprise, la police ne le poursuit pas et l'incident ne fait l'objet d'aucune couverture médiatique. Après que Shiki Ryougi a protégé Tomoe d'un groupe de voyous, elle le laisse se cacher chez elle. Quelques jours plus tard, Tomoe est horrifié de découvrir que sa mère est toujours en vie, alors qu'il est certain de l'avoir tuée. Pendant ce temps, Mikiya Kokutou enquête sur une information que son associée Touko Aozaki a reçue concernant le meurtre dans l'étrange complexe d'appartements. Alors que Mikiya découvre plus de détails sur l'incident, il s'intéresse particulièrement à Tomoe. Décidant d'enquêter davantage sur lui, Mikiya apprend bientôt la vérité troublante derrière le sinistre complexe Ogawa. Le cinquième volet de la série de films Kara no Kyoukai, Mujun Rasen mêle un mystère finement construit aux thèmes et personnages établis pour créer une histoire sombre et qui fait réfléchir.