En novembre 1998, un double meurtre a lieu dans le complexe d'appartements Ogawa, nouvellement construit, au centre de la ville de Mifune. Tomoe Enjou, l'auteur du meurtre, s'enfuit paniqué. À sa surprise, la police ne le poursuit pas et l'incident ne fait l'objet d'aucune couverture médiatique. Après que Shiki Ryougi a protégé Tomoe d'un groupe de voyous, elle le laisse se cacher chez elle. Quelques jours plus tard, Tomoe est horrifié de découvrir que sa mère est toujours en vie, alors qu'il est certain de l'avoir tuée. Pendant ce temps, Mikiya Kokutou enquête sur une information que son associée Touko Aozaki a reçue concernant le meurtre dans l'étrange complexe d'appartements. Alors que Mikiya découvre plus de détails sur l'incident, il s'intéresse particulièrement à Tomoe. Décidant d'enquêter davantage sur lui, Mikiya apprend bientôt la vérité troublante derrière le sinistre complexe Ogawa. Le cinquième volet de la série de films Kara no Kyoukai, Mujun Rasen mêle un mystère finement construit aux thèmes et personnages établis pour créer une histoire sombre et qui fait réfléchir.

Dans cette partie

Pendant les vacances d'hiver, l'Académie pour filles Reien est en proie à une série d'incidents étranges. Azaka Kokutou, une étudiante et apprentie magicienne, est envoyée par son maître pour enquêter. Elle découvre qu'une autre magicienne vole les souvenirs des élèves via des fées — des entités qui, malgré ses capacités magiques, restent invisibles pour Azaka. En conséquence, Shiki Ryougi, une connaissance dotée d'yeux uniques capables de percevoir ce qu'Azaka ne voit pas, est également envoyée à l'académie pour l'assister. Les deux ont cependant du mal à coopérer, principalement parce qu'Azaka considère Shiki comme une rivale amoureuse. Mais alors que la situation avec les fées s'aggrave rapidement et que les couches plus profondes du mystère se révèlent, Azaka doit apprendre à travailler aux côtés de Shiki pour sauver ses camarades de classe.