Fuu Kasumi, eine tollpatschige junge Kellnerin, verbringt ihre Tage damit, friedlich in einem kleinen Teehaus zu arbeiten. Das ändert sich schlagartig, als sie versehentlich ein Getränk auf einen Kunden verschüttet. Eine Gruppe von Samurai beginnt sie zu belästigen, und sie ruft verzweifelt einen anderen Samurai im Laden, Mugen, zu Hilfe, der sie mit seinem wilden Kampfstil, der an Breakdance erinnernde Bewegungen beinhaltet, schnell besiegt. Leider sucht Mugen dann einen Streit mit dem widerwilligen Ronin Jin, der eine präzisere und traditionellere Schwertkampftechnik anwendet, und Jin entpuppt sich als furchtbarer Gegner. Das Problem ist, dass sie das gesamte Geschäft zerstören und dabei versehentlich den Sohn des örtlichen Magistrats töten.
Für ihr Verbrechen werden die beiden Samurai gefangen genommen und sollen hingerichtet werden. Allerdings rettet Fuu sie und heuert das Duo als ihre Leibwächter an. Obwohl sie keinen Ort hat, an den sie zurückkehren kann, möchte die ehemalige Kellnerin einen bestimmten Samurai finden, der nach Sonnenblumen riecht, und bittet das nun freigesprochene Paar um Hilfe. Obwohl sie zunächst ablehnen, willigen die beiden schließlich ein, das Mädchen auf ihrer Suche zu unterstützen. So begeben sich die drei auf ein Abenteuer, um diesen mysteriösen Krieger zu finden – das heißt, wenn Fuu verhindern kann, dass Mugen und Jin sich gegenseitig umbringen.
Angesiedelt in einer alternativen Edo-Zeit Japans, folgt Samurai Champloo der Reise dieser drei exzentrischen Individuen auf einer epischen Quest voller Action, Komödie und dynamischer Schwertkämpfe, alles untermalt von einem einzigartigen Hip-Hop-beeinflussten Soundtrack.