Ätherische, urzeitliche Wesen namens Mushi lösen immer wieder seltsame Veränderungen im menschlichen Dasein aus. Der wandernde Mushishi, Ginko, setzt seine Bemühungen fort, die bizarren und beunruhigenden Ereignisse zu klären, auf die er stößt. Zeitschleifen, lebende Schatten und Gedankenlesen gehören zu den offensichtlichen Folgen von Mushi-Einflüssen, doch auch subtilere Symptome, die erst nach vielen Jahren auftreten, ziehen Ginkos Aufmerksamkeit auf sich, während er von einer Siedlung zur nächsten reist.
Durch Zufall ist Ginko zu einem Richter geworden, der entscheidet, welche Mushi Geschenke und welche Leiden sind. Doch die Grenzen, die er zu ziehen versucht, sind subjektiv. Manche der von ihm Behandelten ziehen es vor, ihre neu erlangten Fähigkeiten zu nutzen, bis sie völlig von ihnen verzehrt werden; andere suchen verzweifelt nach einer Beseitigung von Zuständen, die sie in Wirklichkeit vor einer Katastrophe schützen. Menschen, die auf Mushi treffen, müssen lernen, scheinbar unmögliche Konsequenzen ihrer Entscheidungen zu akzeptieren und Wunden zu heilen, deren Existenz sie nie geahnt hatten. Scheitern sie, riskieren sie, einem Schicksal zu begegnen, das jenseits ihres Verständnisses liegt.