Nos últimos dias da era Bakumatsu, existia um assassino lendário conhecido como Hitokiri Battousai. Temido como um matador implacável e sem igual, ele desapareceu sem deixar rastros no auge da Revolução Japonesa. Uma década de paz se seguiu, mas apenas mencionar o nome de Battousai ainda causa arrepios nos veteranos de guerra.
O que eles não sabem é que Battousai abandonou seu passado sangrento para expiar seus pecados, vivendo agora como Kenshin Himura, um espadachim errante de espírito forte e alegre. Jurando nunca mais tirar uma vida, Kenshin dedica-se a proteger os fracos. Certo dia, ele encontra Kaoru Kamiya em seu dojo de kendo, que está sob ameaça de um impostor se passando por Battousai. Após ajudá-la, Kaoru convida Kenshin a ficar no local, fazendo com que o ex-assassino interrompa suas viagens por algum tempo.
Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan acompanha Kenshin enquanto ele se esforça para resgatar aqueles que precisam. No entanto, conforme inimigos do passado e do presente começam a surgir, será que o assassino reformado conseguirá manter seus novos princípios?