Lain Iwakura, uma estudante de quatorze anos tímida e socialmente desajeitada, recebe um e-mail peculiar de Chisa Yomoda, uma colega de classe que recentemente tirou a própria vida. Apesar de não ter interesse ou experiência com tecnologia, Lain abre a mensagem, que a transporta para o Wired, uma rede digital de comunicação semelhante à internet do mundo real. Sua existência é abalada enquanto ela enfrenta uma série de enigmas enigmáticos. Indivíduos conhecidos como os Homens de Preto começam a aparecer nas proximidades dela, interrogando-a com um conhecimento sobre sua vida que supera sua própria autoconsciência. À medida que a linha entre a realidade física e o ciberespaço se torna cada vez mais indistinta, Lain é arrastada para situações cada vez mais surreais que desafiam noções tradicionais de identidade, consciência e percepção. Criado por Chiaki J. Konaka, o criador de Texhnolyze, Serial Experiments Lain é um mistério psicológico de vanguarda que acompanha as decisões cruciais de Lain, que ressoam tanto no mundo tangível quanto no Wired. Apenas Lain pode compreender o verdadeiro peso dessas existências duais enquanto um reino se fecha e outro se abre.
