Sinopse
Antes da era dos humanos pré-históricos, uma civilização alienígena avançada já viveu na Terra. Descuidados com seu imenso poder, esses seres eventualmente causaram sua própria extinção. No entanto, deixaram um aviso para futuras civilizações em placas indestrutíveis: para destruir quaisquer vestígios da tecnologia perigosa que sua espécie criou. Nos dias atuais, a ARCAM Corporation e sua força paramilitar conhecida como Spriggans trabalham para selar essas relíquias antigas e impedir que grupos renegados abusem de seu poder. Após a recente descoberta da ARCAM nas Montanhas Ararat do que se acredita ser a lendária Arca de Noé, o Spriggan Yuu Ominae é enviado para investigar. Mas o local sofre um ataque do US Machine Corps — uma facção radical dentro do Departamento de Defesa comandada pelo Coronel MacDougall. Agindo sob ordens do Pentágono, MacDougall visa capturar o cientista chefe da ARCAM e tomar o artefato. Unindo forças com o colega Spriggan Jean Jacquemondo, Yuu deve impedir MacDougall e os soldados de elite do Machine Corps de alcançar a Arca antes que seja tarde demais.