魔法の書『ふしぎ遊戯』の旅を終え、夕城みゃくと本郷唯は日常の世界に戻ってきた。みゃくは四神天地の書からタマホームを連れ出すことに成功した。しかし、その幸せはすぐに新たな障害によって脅かされる。かつて四神天地の書に迷い込んだ他の少女たちの墓参りに訪れた際、タマホームが赤い光に飲み込まれて行方不明となり、みゃくは絶望の淵に立たされる。この光景を目撃したみゃくの兄・祐介と友人の梶原哲也は、タマホームを探し出すためにみゃくを助けることを誓う。一方、タマホームは書の中に引き戻され、自分が去ってから五十年が経過し、かつての敵・那珂御が自分の身代わりになっていることを知らされる。みゃくとタマホームはこの困難を乗り越え、再会を果たすことができるのか、それとも永遠に引き裂かれる運命なのか。また、巫女・夕城みゃくと本郷唯、そして朱雀と青龍の戦士たちが、温泉旅行のためにバスで出かける。長い旅路にもかかわらず、グループはいたずらな仕掛けで楽しそうに過ごし、目的地で待ち受ける驚きに気づかない。

本作では

現世界で高須澄波として生まれ変わったタマホームは、唯美奈子と再会し、二人の恋は再び芽生える。しかし、その幸せは、怨みを抱いた転校生の城島蓮が現れ、周囲を扇動して彼らを敵対させることで、一瞬で終わってしまう。蓮の手下によって仕組まれた対決の最中、美奈子とタカは学校の屋上から転落し、謎の赤い光に飲み込まれて四神宇宙へと戻される。そこで二人は、最近の混乱を引き起こした悪魔の存在を知る。さらにタカは、七つの宝石に隠された記憶を取り戻さなければ、自らの存在が消滅してしまうことを悟る。かつての仲間たちと協力し、美奈子とタカは、刻限が迫る前に宝石を集めるため、必死の任務へと旅立つ。