En 1988, un jeune garçon doué de pouvoirs psychiques provoque une explosion dévastatrice à Tokyo, événement déclencheur de la Troisième Guerre mondiale. Pour prévenir de nouvelles catastrophes, il est emprisonné et effacé de la mémoire collective. Trente ans plus tard, le Neo-Tokyo reconstruit est gangrené par la guerre des gangs et le terrorisme antigouvernemental. Shoutarou Kaneda dirige « les Capsules », une bande de délinquants connus pour leurs motos personnalisées surdimensionnées et leur rivalité incessante avec leurs ennemis jurés, « les Clowns ». Lors d'un affrontement avec ces rivaux, Tetsuo Shima, le meilleur ami de Kaneda, entre en collision avec un individu aux pouvoirs psychiques ayant échappé à un centre gouvernemental. Cet incident réveille chez Tetsuo des capacités latentes et dangereuses. Tandis que les autorités tentent de contenir cette nouvelle menace psychique avant qu'elle ne détruise à nouveau la ville, les pouvoirs grandissants de Tetsuo le placent au cœur du chaos.