L'impact d'une météorite révèle une nouvelle source d'énergie puissante appelée Beamler, qui alimente le robot de combat GoShogun et la forteresse de téléportation Good Thunder. Le syndicat criminel Docougar, dirigé par le seigneur du crime Neo Neros, tente de voler ce secret énergétique à l'inventeur de GoShogun, qui se suicide pour l'en empêcher. Neo Neros cible alors le fils de l'inventeur, mais le garçon est secouru et emmené à bord du Good Thunder. Là, il rejoint l'équipage dans leur campagne mondiale contre les forces de Neo Neros en utilisant GoShogun.
