Tomoya Okazaki, un délinquant du lycée, voit la vie comme une existence sans but et pense être condamné à ne jamais réussir quoi que ce soit. Aux côtés de son ami Youhei Sunohara, il joue l'absentéisme et projette de gâcher ses années d'études. Un matin, en chemin pour l'école, il observe une jeune fille murmurant pour elle-même. Soudain, elle crie « Anpan ! », une collation japonaise populaire, ce qui capte son attention. Il apprend qu'elle s'appelle Nagisa Furukawa et qu'elle a l'habitude de crier les choses qu'elle aime pour se donner du courage. Bien que Nagisa insiste pour qu'ils soient désormais amis, Tomoya la rejette et continue son chemin. Cependant, il finit par remarquer Nagisa de plus en plus souvent sur le campus. Finalement, il cède et accepte d'être son ami. Il découvre alors qu'elle a dû redoubler une année à cause d'une maladie grave et que son objectif est de rétablir le club de théâtre de l'école. Prétextant n'avoir rien d'autre à faire, il accepte de l'aider dans cette entreprise, rejoint par quatre autres filles. En passant plus de temps avec elles, Tomoya découvre leurs luttes personnelles. En essayant d'aider chacune à surmonter ses propres défis, il commence à réaliser que la vie n'est pas aussi ennuyeuse qu'il le croyait auparavant.