Synopsis
Deux décennies avant les événements de l'histoire, un astéroïde en collision avec la Terre détruit Pluton. La destruction stoppe l'astéroïde, nommé Thanatos, qui devient stationnaire pour un temps. Pour empêcher l'annihilation imminente de la Terre, l'Agence Internationale de Développement du Système Solaire (ISDA) entreprend le « Projet D », découvrant un œuf de dragon sous l'océan et créant le « Dragonaut ». Cette arme est destinée à détruire l'astéroïde lorsqu'il reprendra son approche. Cependant, l'ISDA réalise bientôt que l'astéroïde n'est pas le seul danger, car des créatures destructrices ressemblant à des dragons commencent à apparaître sur Terre. Jin Kamishina, un garçon de 18 ans qui a perdu sa famille dans un accident de navette deux ans auparavant, est témoin de l'une de ces créatures tuant quelqu'un. Il se retrouve mêlé aux mystères entourant les dragons et est choisi comme pilote du Dragonaut. Une mystérieuse fille nommée Toa le sauve d'une chute mortelle après que la créature l'a attaqué, et elle l'aide dans son périple. Alors qu'ils approfondissent les secrets des dragons, ils rencontrent à la fois de nouveaux alliés et adversaires, et leur lien se renforce.