Vers l'an 2011, une fraction de l'humanité a vu émerger des capacités psychocinétiques nommées Cantus. Plus d'un millénaire plus tard, dans le village de Kamisu 66, Saki Watanabe est la dernière de son groupe d'amis à révéler ses pouvoirs et à intégrer la Sage Academy, une école dédiée aux psychiques. Bien que tous les élèves y possèdent le Cantus, ils ne bénéficient pas d'un traitement égal ; peu après l'arrivée de Saki, un camarade jugé faible disparaît mystérieusement.
Un jour, en rentrant chez elle accompagnée de ses amis — Maria Akizuki, déterminée ; Shun Aonuma, d'une grande intelligence ; Satoru Asahina, perspicace ; et Mamoru Itou, timide — elle croise la route de deux créatures inconnues appelées Monster Rats. Ces êtres ressemblant à des taupes vénèrent comme des dieux ceux qui maîtrisent le Cantus. Lorsque Saki utilise son pouvoir pour venir en aide à l'un d'eux dans une situation critique, elle est accueillie avec une profonde reconnaissance.
S'interrogeant désormais sur la place des Monster Rats au sein de la société, Saki et ses compagnons découvrent une autre disparition. Avec le temps, ils cherchent progressivement des réponses aux mystères qui les entourent et commencent à réaliser que ce nouveau monde, en apparence parfait, dissimule l'histoire sombre de l'humanité.