Il y a douze ans, un immense démon renard a semé la terreur dans le monde. Alors que la bête dévastait le Village Caché de la Feuille, le Hokage, chef du village et ninja le plus puissant, a sacrifié sa vie pour sceller la créature dans le corps d'un nouveau-né. Cet acte a épargné la civilisation d'une destruction totale, mais a condamné l'enfant à une existence solitaire.
Aujourd'hui, après des années d'ostracisme et de harcèlement, Naruto Uzumaki tourmente le village par des farces complexes et du vandalisme. Pourtant, derrière ces agissements, il s'entraîne sans relâche pour accomplir son rêve : devenir Hokage et obtenir la reconnaissance de ceux qui l'ont maltraité toute sa vie. Naruto est intégré à l'Équipe 7, une escouade de ninjas comprenant deux de ses pairs : le prodige Sasuke Uchiha et l'intelligente Sakura Haruno.
Sous la direction du détaché Kakashi Hatake, l'Équipe 7 affronte une série de missions périlleuses, obligeant ses membres à gagner en force et en camaraderie malgré leurs différences marquées. Naruto cherche à surpasser Sasuke dans leur rivalité et à conquérir l'affection romantique de Sakura. Cependant, alors que le trio fait face à un danger constant et à la mort, leurs passés tragiques menacent de les séparer.