Lain Iwakura, eine vierzehnjährige, schüchterne und sozial unbeholfene Schülerin, erhält eine bizarre E-Mail von Chisa Yomoda, einer Mitschülerin, die sich kürzlich das Leben genommen hat. Obwohl Lain kein Interesse oder Erfahrung mit Technologie besitzt, öffnet sie die Nachricht und gerät dadurch in das Wired, ein digitales Kommunikationsnetzwerk, das dem realen Internet gleicht. Ihr Leben wird auf den Kopf gestellt, als sie einer Kette rätselhafter Puzzles gegenübersteht. Personen, bekannt als die Men in Black, tauchen in ihrer Umgebung auf und stellen ihr Fragen, die mit einem Wissen über ihr Leben konfrontieren, das ihre eigene Selbstwahrnehmung übersteigt. Während die Grenze zwischen der physischen Realität und dem Cyberspace zunehmend verschwimmt, wird Lain in immer surreale Situationen hineingezogen, die traditionelle Konzepte von Identität, Bewusstsein und Wahrnehmung infrage stellen. Erschaffen von Chiaki J. Konaka, dem Schöpfer von Texhnolyze, ist Serial Experiments Lain ein psychologisches, avantgardistisches Mystery, das Lains entscheidende Entscheidungen verfolgt, die sowohl in der greifbaren Welt als auch im Wired nachhallen. Nur Lain kann die wahre Bedeutung dieser dualen Existenzen erfassen, während sich ein Reich schließt und ein anderes öffnet.