Handlung
Vor der Zeit der prähistorischen Menschen lebte einst eine fortgeschrittene außerirdische Zivilisation auf der Erde. Sorglos im Umgang mit ihrer immensen Macht, verursachten diese Wesen letztlich ihre eigene Auslöschung. Doch sie hinterließen eine Warnung für künftige Zivilisationen auf unzerstörbaren Tafeln: alle Überreste der gefährlichen Technologie, die ihre Art geschaffen hatte, zu zerstören. In der Gegenwart arbeiten die ARCAM Corporation und ihre paramilitärische Streitmacht, bekannt als die Spriggans, daran, diese uralten Relikte zu versiegeln und zu verhindern, dass abtrünnige Gruppen ihre Macht missbrauchen. Nach der jüngsten Entdeckung des legendären Noah's Ark durch ARCAM in den Ararat-Bergen wird Yuu Ominae, ein Mitglied der Spriggans, zur Untersuchung geschickt. Doch der Ort wird von den US Machine Corps angegriffen – einem radikalen Ableger des Verteidigungsministeriums unter dem Kommando von Colonel MacDougall. MacDougall handelt auf Befehl des Pentagons und zielt darauf ab, die leitende Wissenschaftsperson von ARCAM gefangen zu nehmen und das Artefakt an sich zu bringen. Gemeinsam mit Jean Jacquemondo, ebenfalls einem Mitglied der Spriggans, muss Yuu MacDougall und die Elitesoldaten der Machine Corps aufhalten, bevor sie die Arche erreichen – bevor es zu spät ist.