Nachdem er seine Reise durch die Hoenn-Region abgeschlossen hat, bricht Satoshi in die Sinnoh-Region auf, um seine Mission fortzusetzen, ein Pokémon-Meister zu werden. Kaum angekommen, unternimmt Team Rocket einen weiteren gescheiterten Versuch, Pikachu zu stehlen, aber diesmal verirrt sich Pikachu tief in einem Wald, was Satoshi zwingt, nach ihm zu suchen. Unterwegs trifft er wieder auf Takeshi, einen Pokémon-Züchter, der ihn bereits durch mehrere Regionen begleitet hat, und lernt seinen zukünftigen Rivalen Shinji kennen, einen Trainer, der von Macht besessen ist und wenig Rücksicht auf die Gefühle seiner Pokémon nimmt.
Während er noch nach Pikachu sucht, entdeckt Satoshi in der Ferne einen mächtigen elektrischen Angriff und eilt hin, um Pikachu zusammen mit Team Rocket und Hikari zu finden, einer Anfängertrainerin, die danach strebt, die beste Pokémon-Koordinatorin zu werden. Nachdem sie Team Rockets Plan vereitelt haben, wird Satoshi wieder mit Pikachu vereint, und Hikari beschließt, sich ihrer Gruppe anzuschließen. So brechen Satoshi und seine Gefährten zu ihrem Abenteuer durch die lebendige Sinnoh-Region auf.