Handlung
Nach der Abschaltung des massiv populären virtuellen Realität-MMORPG The World startet dessen Nachfolger The World R:2 online. Während seines Debüts glaubt der Neuling Haseo, Gefährten für seine Abenteuer gefunden zu haben, nur um seinen Avatar von ihnen aus Vergnügen getötet zu sehen. Er wird gerettet von Ovan, einem rätselhaften einarmigen Benutzer, der sich bereit erklärt, ihn durch das Spiel zu führen. Haseo verbringt ein glückliches erstes Jahr gemeinsam mit Ovan und Shino, einer befreundeten Klerikerin. Doch die Ruhe wird gestört, als Shinos Charakter von Tri-Edge besiegt wird, einer berüchtigten Gestalt, deren Angriffe Opfer in der realen Welt ins Koma versetzen. Wütend schwört Haseo, Tri-Edge zu jagen und zu vernichten. .hack//Roots spielt während Haseos erstem Jahr in The World und taucht ein in die Bindungen, die er knüpfte, bevor Tri-Edge sie zerstörte.