Em novembro de 1998, um duplo homicídio ocorre no recém-construído complexo de apartamentos Ogawa, no centro da cidade de Mifune. O assassino, Tomoe Enjou, foge em pânico. Para sua surpresa, a polícia não o persegue, e o incidente não recebe cobertura da mídia. Depois que Shiki Ryougi protege Tomoe de um grupo de valentões, ela o deixa se esconder em sua casa. Alguns dias depois, Tomoe fica horrorizado ao descobrir que a mãe dele ainda está viva, mesmo tendo certeza de que a matou.
Enquanto isso, Mikiya Kokutou investiga uma dica que sua colega Touko Aozaki recebe sobre o assassinato no incomum complexo de apartamentos. Conforme Mikiya descobre mais detalhes sobre o incidente, ele se interessa especialmente por Tomoe. Decidindo investigá-lo mais a fundo, Mikiya logo descobre a verdade perturbadora por trás do sinistro complexo Ogawa.
A quinta entrada da série de filmes Kara no Kyoukai, Mujun Rasen, combina um mistério intrincadamente construído com temas e personagens já estabelecidos para criar uma história sombria e instigante.