Após os eventos de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi permanece em coma por dois anos após um acidente de trânsito. Quando finalmente recupera a consciência, ela se encontra sem nenhuma lembrança de seu passado e é tomada por um profundo sentimento de isolamento. Ainda mais perturbador, ela percebe linhas escuras ao redor de objetos ao seu redor; tocar essas linhas permite que ela desmonte o objeto — uma habilidade que a assusta profundamente. Seu amigo Mikiya Kokutou busca a ajuda de Touko Aozaki, uma pessoa versada em magia que pode auxiliar Shiki a compreender o que seus olhos — os "Mystic Eyes of Death Perception" — realmente significam e como usá-los corretamente.

Nesta parte

Em novembro de 1998, um duplo homicídio ocorre no recém-construído complexo de apartamentos Ogawa, no centro da cidade de Mifune. O assassino, Tomoe Enjou, foge em pânico. Para sua surpresa, a polícia não o persegue, e o incidente não recebe cobertura da mídia. Depois que Shiki Ryougi protege Tomoe de um grupo de valentões, ela o deixa se esconder em sua casa. Alguns dias depois, Tomoe fica horrorizado ao descobrir que a mãe dele ainda está viva, mesmo tendo certeza de que a matou. Enquanto isso, Mikiya Kokutou investiga uma dica que sua colega Touko Aozaki recebe sobre o assassinato no incomum complexo de apartamentos. Conforme Mikiya descobre mais detalhes sobre o incidente, ele se interessa especialmente por Tomoe. Decidindo investigá-lo mais a fundo, Mikiya logo descobre a verdade perturbadora por trás do sinistro complexo Ogawa. A quinta entrada da série de filmes Kara no Kyoukai, Mujun Rasen, combina um mistério intrincadamente construído com temas e personagens já estabelecidos para criar uma história sombria e instigante.