西暦2011年ごろ、人類の一部が「カントス」と呼ばれる念動力に目覚めた。それから千年後、カムス66という村で、渡辺早季はようやくその力を覚醒させ、カントス使いのための機関である「聖学園」に入学する。すべての生徒が能力を持つにもかかわらず、真の平等は存在せず、早季が学び始めて間もなく、力が弱いと見なされた同級生が跡形もなく消えてしまう。
早季は仲間たち——意志の強い秋月マリア、知性で知られる青沼瞬、鋭く洞察力のある朝比奈覚、そして内気な伊東守——と共に帰宅する途中、モンスターラットと呼ばれる二匹の奇妙な生物に出会う。モグラのようなこれらの存在は、カントス使いを神として崇めている。早季が自分の力で一匹を助けると、深い感謝の念をもって迎えられた。
早季がモンスターラットの社会における役割について考える中、彼女と友人たちはさらなる失踪事件を発見する。日が経つごとに、彼らは周囲の謎を深く探り、一見ユートピアに見える新世界が、人類の歴史の厳しい現実を隠していることを徐々に悟っていく。