『King of Thorn』において、致死性のウイルス「Medousa」が世界中に蔓延し、感染者を石に変える。治療法は未だ見つかっておらず、人類は絶滅の瀬戸際へと追いやられる。唯一の希望は、Venus Gate Corporation が打ち出した大胆な計画、すなわち160名を最大100年にわたる深層冷凍睡眠に就かせ、将来の解明を待つというものであった。選ばれた一人がKasumi Ishikiである。彼女は双子の姉妹Shizukuと離れ離れになることに対し、深く苦悩していた。不安を抱えつつも、二人はいつか再会できるという希望を胸に抱き続けていた。目覚めたKasumiの前に広がった現実は、想像していたものとは全く異なっていた。冷凍施設は棘のある蔓に覆われ、怪物が数少ない生存者を脅かしていた。目覚めた者の多くは混沌に飲み込まれたが、Kasumiは数人の仲間と共に生き延びる。彼らは迷路のような施設を彷徨い、Medousaウイルスの真実を解明し、Venus Gate Corporation の隠された意図を暴くことを決意する。