À la suite de la guerre des trois organisations, Ango Sakaguchi, fonctionnaire gouvernemental, fait remonter à la mémoire un événement vieux de plusieurs années, survenu après la mort de l'ancien chef de la Port Mafia. À cette époque, Osamu Dazai, alors simple recrue, fut chargé d'élucider des rumeurs entourant une mystérieuse explosion ayant ravagé une partie de la ville, ainsi que le lien supposé avec le retour de ce chef disparu.
Forcé par des circonstances inéluctables, Dazai se voit associé à Chuuya Nakahara, chef talentueux mais emporté d'un gang rival nommé the Sheep, afin de découvrir la vérité et de percer le mystère d'Arahabaki, le dieu du feu qui pourrait être la clé de la résolution de cette affaire.
Revenus au présent, l'Agence des Détectives Armés reprend son quotidien habituel. Cependant, leur répit paisible ne dure guère, car d'anciens et de nouveaux ennemis rassemblent leurs forces en vue d'un prochain affrontement.