Para manter a paz nos oceanos, foi formada a PKN, composta por navios de guerra de última geração de várias nações. No entanto, durante a cerimônia de fundação, eles foram atacados pela organização não identificada USR, que buscava a dominação mundial. A frota da PKN não foi páreo para o submarino UX, comandado por Red, almirante da USR. Mas um velho submarino japonês, o 707, pilotado por Hayami – que assumiu um grande risco pessoal – veio em seu socorro.
Um ano depois, o recém-desenvolvido submarino 707 II – sucessor do 707, destruído na batalha anterior – partiu. Entre sua tripulação estavam os jovens aprendizes Kenji, Goro e Senta. A PKN montou uma frota liderada pelo Great Guardian, o mais novo navio de guerra dos Estados Unidos. Porém, os ataques do Submarino U foram devastadores, e a frota foi derrotada. Então o 707 chegou. Assim que Red avistou o 707, alegrou-se por reencontrar seu rival e partiu para a batalha.
Fugindo do ataque do submarino, eles esconderam o 707 em um vale. Mas Red tentou destruir o vale, provocando torrentes de lama para prender o 707. O 707 escapou por pouco e entrou em uma cratera – apenas para descobrir que era uma camada de água pura da qual o submarino não conseguia emergir. Naquele momento, inúmeros torpedos foram lançados contra o 707.
