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Após os eventos de Invasion, Johnny Rico foi reduzido ao posto de coronel e designado para um satélite marciano para treinar um novo grupo de soldados. Infelizmente, esses recrutas estão entre os piores com quem Rico já lidou — já que são marcianos, eles não levam a guerra a sério. Mars como um todo mostra pouco apoio ao conflito, vendo seu planeta intocado pela ameaça dos insetos, e até propôs se retirar da guerra. Por causa dessa atitude descontraída, o povo de Mars é pego de surpresa quando os insetos atacam. Desconhecido de todos, Sky Marshall Amy Snapp executa seus planos de tomar o poder.

Apresentando uma narrativa independente da continuidade original do filme Appleseed, apesar de compartilhar o mesmo diretor, Appleseed Alpha oferece uma origem alternativa para seus protagonistas. Diferente das iterações anteriores, Briareos já é um ciborgue e não há separação ou reencontro anterior com Deunan antes de se juntar à ESWAT em Olympus. A história foca nos primeiros dias de Deunan Knute e Briareos no século 22, enquanto atravessam as ruínas distópicas de Nova York, em busca da cidade utópica de Olympus. Contratados por Two Horns, que governa a cidade devastada, a dupla é encarregada de destruir máquinas de combate bípedes. Durante essa missão, eles cruzam caminho com Iris e Olson, que estão em sua própria missão. Depois de fazer amizade com eles, Deunan e Briareos escolhem aliar-se ao par. O objetivo de Iris é impedir que Talos, um ciborgue sinistro, se aposse de uma arma humana secreta. No entanto, Talos manipula Iris para ativar a colossal máquina de guerra.

Mahmut Tuğrul detém a distinção de ser o mais jovem Paxá na Estratocracia da Türkiye, uma patente concedida aos membros do Divã, o conselho governante da nação. Marcado pela memória de perder sua mãe e sua vila na guerra doze anos antes, ele se dedicou a servir sua pátria e evitar futuros conflitos. Nos anos seguintes ao confronto violento entre o expansionista Império Balt-Rhein e a Türkiye, as tensões são reacendidas. A instabilidade política cresce ao longo da fronteira entre os dois países, à medida que facções opostas e confrontos em pequena escala os aproximam cada vez mais de uma guerra total, colocando em risco sua frágil paz. À medida que a situação piora, o idealismo e a falta de experiência de Mahmut como líder são postos em xeque, levando à sua remoção do cargo. No entanto, essa reviravolta traz aliados inesperados na luta contra o Império. Com a guerra iminente em todo o continente, Mahmut precisa navegar por uma complexa teia de intrigas políticas e batalhas perigosas, esforçando-se para proteger a paz que valoriza e provar que é um comandante digno.

Demônios agora são uma visão comum pelo reino de Midland, que mergulhou no caos. Guts, que maneja a espada, continua incapaz de se estabelecer em lugar algum por muito tempo por causa de sua marca amaldiçoada. Quando estava sozinho, sempre conseguia afastar o perigo, mas agora enfrenta o fardo adicional de proteger a ex-comandante Casca, que é uma sombra do que era — ela não se lembra dele nem confia nele. Eles não têm trégua dos constantes ataques de demônios e precisam de um lugar onde Casca possa ficar segura até encontrarem um jeito de restaurá-la. Puck, seu aliado elfo, fala da misteriosa terra de Elfhelm, dita ser um refúgio dos demônios que assolam o mundo. Exaustos e se apegando a uma tênue esperança, eles seguem em frente em busca de um lugar para viver — e ainda precisam rastrear os responsáveis pelo sofrimento que enfrentam.

A Banda do Falcão e seu misterioso comandante Griffith continuam sua sequência de vitórias, elevando sua reputação em todo o reino de Midland. No entanto, sua mais nova missão provou ser impossível para todos que tentaram: capturar a aparentemente inexpugnável fortaleza de Doldrey. Com guerreiros como Guts — capitão dos invasores do Falcão, capaz de derrubar cem inimigos com sua imensa espada — tais obstáculos se tornam administráveis. Contudo, após o triunfo, Guts decide deixar o Falcão para perseguir suas próprias ambições e se despede de seus camaradas, ignorando os pedidos de Griffith para que ficasse. Essa única partida destrói o autocontrole de Griffith e o leva a uma escolha que mudará para sempre tanto seu destino quanto o da Banda do Falcão.

Um ano depois de Guts deixá-los para seguir seu próprio caminho, o Bando do Falcão se viu reduzido em número. Retornando após ouvir um boato sobre a situação deles, Guts encontra os Falcões—agora sob o comando de Casca, que antes lutava ao lado de Guts—lutando por sua sobrevivência. Outrora aclamados como os salvadores de Midland, agora são fugitivos caçados, tentando desesperadamente libertar seu líder Griffith, que foi preso por traição. Mas o homem que resgatam pouco se parece com o Griffith que eles lembram. Griffith é um fragmento destroçado de seu antigo eu carismático depois de suportar um ano de tortura horrível. Incapaz de andar, falar ou mesmo erguer uma espada, ele se agarra apenas ao estranho Behelit Carmesim que se recusa a deixá-lo. Todo o Bando do Falcão anseia por se erguer novamente, mas o preço para recuperar sua glória passada pode ser alto. Quando o coração de Griffith se torna sombrio e um eclipse solar encobre o céu, o Behelit apresenta uma escolha que condena os Falcões a um destino ensanguentado que os assombrará para sempre.

No reino de Midland, um mercenário errante chamado Guts escolhe uma vida de batalhas em vez de tranquilidade. Embora as probabilidades estejam contra ele, ele se mostra imparável contra qualquer inimigo, empunhando uma espada enorme muito maior que seu próprio corpo. Um dia, Griffith—o enigmático comandante dos mercenários do Bando do Falcão—vê a habilidade de combate de Guts e pede ao andarilho que se junte ao seu grupo. Guts recusa, mas quando ele desafia Griffith para uma luta, é inesperadamente derrotado e forçado a se alistar. Agora Guts deve lutar ao lado de Griffith e suas tropas para ajudar Midland a conquistar o Império de Chuder. No entanto, Griffith parece ter ambições ocultas, buscando algo muito maior do que simplesmente encerrar a guerra.

Rikuo Uozumi desistiu em grande parte de um futuro promissor, levando uma vida monótona em um trabalho sem futuro em uma loja de conveniência em Tóquio depois de se formar na faculdade. Sua rotina tediosa é abalada quando a excêntrica Haru Nonaka irrompe em sua vida, parando frequentemente em seu local de trabalho para iniciar uma amizade. Quando Rikuo descobre que Shinako Morinome, uma ex-colega de faculdade e objeto de sua afeição, voltou para a área, ele tenta reacender a conexão entre eles. Mas Rikuo não sabe que Shinako está sobrecarregada por memórias dolorosas de seu passado que a impedem de corresponder aos seus sentimentos. Enquanto isso, conforme Haru gradualmente se revela a Rikuo, ele percebe que ela, assim como ele, vive sozinha e anseia por sair de sua zona de conforto em direção a um amanhã incerto. O passado persiste teimosamente na mente, e o futuro permanece fora de alcance. Em uma encruzilhada onde suas vidas se entrelaçam, esses três indivíduos passam a entender o que significa liberar as emoções de ontem e acolher as mudanças que um novo dia traz.

Marcado para a morte e condenado a ser perseguido por demônios até seu último suspiro, Guts decide desafiar esse destino aterrorizante enquanto ondas intermináveis de monstros o perseguem. Com sua determinação fortalecida, ele empunha a enorme Matadora de Dragões e jura vingança contra o homem que um dia admirou e considerou um amigo. Em sua jornada, ele encontra aliados inesperados, como o pequeno elfo Puck e Isidro, um jovem ladrão ansioso para aprender a arte da espada com o ex-mercenário. Enquanto esse grupo improvável se une para acompanhar Guts em sua missão, eles precisam enfrentar ameaças mais aterrorizantes do que qualquer outra que já encontraram antes.

Num futuro distante, a humanidade foi levada à beira da extinção por gigantes Klaxosaurs, obrigando os sobreviventes a se abrigarem em cidades fortificadas conhecidas como Plantations. Nesses locais, as crianças são criadas exclusivamente para pilotar mechas imensos chamados FranXX em duplas de um menino e uma menina, as únicas armas capazes de enfrentar as bestas. Isolados, esses jovens desconhecem o mundo exterior e veem sua existência justificada apenas pela defesa da espécie. Hiro, um garoto destinado a ser piloto, perdeu a motivação e a autoconfiança após falhar em um teste de aptidão. Ele abandona a cerimônia de formatura de sua turma e se esconde perto de um lago na floresta, onde encontra uma misteriosa garota com chifres que se identifica como Zero Two. Seu codinome a marca como a infame "Assassina de Parceiros", uma piloto responsável pela morte de todos os parceiros anteriores. Antes que Hiro possa compreender totalmente o encontro, um Klaxosaur ataca a Plantation. Zero Two enfrenta a fera em seu FranXX, mas sofre danos severos e cai perto de Hiro. Ao descobrir que seu parceiro anterior está morto, ela convida Hiro a assumir os controles. Juntos, derrotam o Klaxosaur com facilidade. Agora emparelhado com uma nova parceira, Hiro vê uma chance de redenção, mas precisa se perguntar que preço essa segunda chance exigirá.

Após o assassinato de seu pai, Ryuuko Matoi percorre o país em busca do culpado, guiada pela metade restante de sua criação, a Lâmina Tesoura. Essa busca a leva à Academia Honnouji, uma instituição secundária de elite que não se assemelha a nenhuma outra. A escola é dominada pela implacável presidente do conselho estudantil, Satsuki Kiryuuin, e seus temíveis subordinados, a Elite Four. Sob o rígido sistema de classificação da academia, Satsuki concede aos alunos de alto desempenho vestimentas especiais conhecidas como "Goku Uniforms", que outorgam habilidades sobre-humanas únicas. Depois de ser derrotada em um confronto contra um estudante uniformizado, Ryuuko volta à sua casa destruída e encontra Senketsu, um raro "Kamui" senciente (Roupas Divinas). Ao entrar em contato com o sangue de Ryuuko, Senketsu desperta, fundindo-se a ela e concedendo-lhe um poder imenso. Armada com Senketsu e a Lâmina Tesoura, Ryuuko enfrenta a Elite Four, decidida a alcançar Satsuki e desvendar a verdade por trás do assassinato de seu pai de uma vez por todas.