Hakoniwa Academy Student Council

Após a vitória de Medaka Kurokami e seu Conselho Estudantil sobre Myouri Unzen, a Academia Hakoniwa desfrutou brevemente da paz — mas isso não dura muito. Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune e Mogana Kikaijima logo se envolvem em uma nova trama sinistra chamada "Flask Plan", orquestrada pelo próprio diretor da escola. Antes que possam enfrentar isso, o conselho deve primeiro lidar com um novo grupo de estudantes super-humanos que se autodenominam "Thirteen Party", liderados pelo arrogante e formidável Oudo Miyakonojou. Entre o misterioso Flask Plan, a tirania de Oudo e o retorno de um antigo adversário, a Academia Hakoniwa permanece longe da calma, deixando Medaka e seus amigos sobrecarregados à medida que as coisas se tornam ainda mais anormais.

Medaka Kurokami incorpora a perfeição em todos os sentidos—ela é deslumbrante, brilhante e dotada atleticamente, com uma ambição sincera de trazer felicidade aos outros. Quando ela se candidata à Presidência do Conselho Estudantil na prestigiada Academia Hakoniwa, sua vitória com 98% dos votos não surpreende ninguém. Imediatamente após assumir o cargo, a exuberante presidente estabelece a "Medaka Box", uma caixa de sugestões onde os alunos podem enviar qualquer pedido de ajuda. Ao lado de seu cínico amigo de infância Zenkichi Hitoyoshi, que é relutantemente envolvido para ajudá-la, Medaka enfrenta essas tarefas em um ritmo impressionante. Para cada trabalho concluído, ela coloca uma flor na sala do conselho estudantil, com o objetivo de eventualmente cobrir toda a escola com flores. Mas, à medida que se aprofundam, a dupla logo descobre que ajudar os outros pode ser muito mais desafiador do que o esperado, revelando um esquema sinistro que tem como alvo tanto a academia quanto a própria Medaka.