Sinopse
Após a vitória de Medaka Kurokami e seu Conselho Estudantil sobre Myouri Unzen, a Academia Hakoniwa desfrutou brevemente da paz — mas isso não dura muito. Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune e Mogana Kikaijima logo se envolvem em uma nova trama sinistra chamada "Flask Plan", orquestrada pelo próprio diretor da escola. Antes que possam enfrentar isso, o conselho deve primeiro lidar com um novo grupo de estudantes super-humanos que se autodenominam "Thirteen Party", liderados pelo arrogante e formidável Oudo Miyakonojou. Entre o misterioso Flask Plan, a tirania de Oudo e o retorno de um antigo adversário, a Academia Hakoniwa permanece longe da calma, deixando Medaka e seus amigos sobrecarregados à medida que as coisas se tornam ainda mais anormais.
