O Onmyoudou já foi uma técnica poderosa utilizada pelo Japão na Segunda Guerra Mundial para garantir vantagem estratégica e consolidar o país como uma potência temível. Contudo, a nação foi rapidamente derrotada após o renomado onmyouji Yakou Tsuchimikado desencadear o "Grande Desastre Espiritual", um evento cujos efeitos continuam a afligir Tóquio até os dias atuais. Em resposta a essa catástrofe, a Agência Onmyou foi criada para exorcizar novos desastres espirituais e combater os demônios que surgem no mundo.
Na era moderna, o Onmyoudou tornou-se mais refinado e adaptado para diversas áreas, como medicina e tecnologia. Entretanto, nem todos possuem a aptidão para manipular essa magia, sendo esse o caso de Harutora, um membro da família secundária Tsuchimikado. Apesar de ter feito uma antiga promessa de proteger Natsume, a herdeira da família principal Tsuchimikado e suposta reencarnação de Yakou, atuando como seu familiar, Harutora, sem talento mágico, optou por levar uma vida comum. No entanto, quando um alto escalão da Agência Onmyou tenta repetir o experimento que levou à queda do Japão, ele decide honrar sua palavra e lutar ao lado de Natsume.