O impacto de um meteoro revela uma nova e potente fonte de energia conhecida como Beamler, que alimenta o robô de batalha GoShogun e a fortaleza de teletransporte Good Thunder. O Sindicato do Crime Docougar, liderado pelo chefão do crime Neo Neros, tenta roubar esse segredo energético do inventor do GoShogun, que tira a própria vida para impedi-los de obtê-lo. Neo Neros então tem como alvo o filho do inventor, mas o garoto é resgatado e levado a bordo do Good Thunder. Lá, ele se junta à tripulação em sua campanha global contra as forças de Neo Neros usando o GoShogun.
