Na empobrecida Vila Tison do Império Parthevia, Sinbad nasce de Badr, um ex-soldado cansado, e sua gentil esposa Esra. Seu nascimento envia uma onda radiante através do rukh, sinalizando aos usuários de magia mais poderosos que a "Criança do Destino" chegou. Embora seu país sofra com dificuldades econômicas e as consequências da guerra, Sinbad desfruta de uma vida alegre—até que um estranho aparece, quebrando sua paz, e a tragédia acontece.
Anos depois, estruturas misteriosas conhecidas como "dungeons" surgiram pelo mundo, com rumores de conterem imenso poder e tesouros. Aventureiros e exércitos são atraídos por elas, mas nenhum jamais retornou. Agora com catorze anos, Sinbad se tornou um jovem encantador e talentoso. Impulsionado pelos eventos traumáticos de sua infância e pelo conselho de seu pai, ele anseia por explorar além de sua vila. Como se guiado pelo destino, Sinbad encontra o enigmático viajante Yunan. Comovido pela história e ambições de Sinbad, Yunan o direciona a um dungeon que supostamente contém o poder que Sinbad precisa para alcançar seus objetivos—o "poder de um rei".
Magi: Sinbad no Bouken narra a jornada inicial de Sinbad enquanto ele viaja pelo mundo, aprimorando suas habilidades e influência, reunindo aliados e poder, destinado a se tornar o Alto Rei dos Sete Mares.