Enquanto procura por Nyanko-sensei, Takashi Natsume encontra um youkai de aparência tímida e pequena chamado Mitsumi. Mitsumi foi escolhido por seu líder Gantetsu, um ayakashi poderoso e formidável, para servir como o "Ishi Okoshi" do ano — uma função que requer despertar Gantetsu de seu sono profundo. Percebendo o quanto Mitsumi deseja provar ser um servo digno, Natsume concorda em ajudá-lo a realizar a tarefa. Mas o tempo está se esgotando, e eles não são os únicos que esperam despertar o ser divino.
Um dia, um homem estranho visita Kaname Tanuma, amigo de Natsume. Nos dias seguintes, o visitante fala brevemente com Tanuma toda vez antes de partir. Natsume logo descobre que o forasteiro é na verdade um youkai disfarçado de humano, que afirma não ter más intenções. Embora Tanuma confie no youkai, sua saúde começa lentamente a enfraquecer, deixando Natsume cada vez mais desconfiado do intruso. Qual é a verdade por trás de sua chegada repentina e sua conexão com Tanuma?