Quando as "Sirens", uma força extraterrestre que empunha armamentos muito além do escopo da tecnologia atual, apareceram sem aviso, a humanidade deixou de lado suas divisões e se uniu pela primeira vez. Quatro nações — Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire e Iron Blood — estabeleceram a Azur Lane, avançando a guerra moderna e garantindo uma vitória inicial contra seu inimigo comum. No entanto, ideologias conflitantes logo ameaçaram essa frágil aliança, fragmentando-a em duas. O Sakura Empire e a Iron Blood se separaram para formar a Red Axis, e a humanidade mais uma vez se viu dividida.
Uma combatente experiente e endurecida em batalha, o "Grey Ghost" Enterprise carrega as esperanças da Azur Lane de acabar com a guerra. Apesar de sua fachada estoica, há uma garota vulnerável que teme o mar. Ainda assim, ela continua lutando, convencida de que essa é sua única razão de existir. Enquanto isso, três navios da união — Javelin, Laffey e Unicorn — descobrem Ayanami, uma espiã da Red Axis. Embora seus esforços para fazer amizade com ela pareçam fúteis, dados os lados opostos, eles persistem, esperando que sua amizade algum dia prevaleça.
Dentro do conflito interminável da humanidade, as chaves para reunir a raça fraturada podem existir em uma soldado que aceita sua natureza misteriosa e nos laços de camaradagem entre aqueles com ideais opostos.
