No reino de Mushrambo, a humanidade quase desapareceu. Após um vírus letal levar a humanidade à beira da extinção, uma nova espécie conhecida como Enterrans foi criada para sustentar a vida na Terra. Mas a paz entre os Enterrans e seus criadores humanos não durou. Um conflito irrompeu, colocando os Enterrans contra os humanos e seus aliados mecânicos. Os Enterrans saíram vitoriosos, renomeando a Terra como Enterra em celebração do seu triunfo.
Antes do colapso final da humanidade, um dos últimos cientistas selou sua filha, Yakumo Shindou, dentro de uma câmara criogênica. Sua esperança era que ela eventualmente despertasse e descobrisse o refúgio humano chamado Shinzo, revivendo assim a humanidade e trazendo harmonia de volta entre humanos e Enterrans. Séculos após a guerra, Yakumo desperta de seu sono e encontra um Enterran chamado Mashura, que jura ajudá-la em sua jornada. Acompanhada por outros Enterrans, Sago e Kutal, o grupo precisa rastrear as memórias perdidas de Yakumo e localizar Shinzo. No entanto, nem todos os Enterrans são amigáveis; alguns farão de tudo para garantir que a humanidade nunca retorne.