Gintoki, Shinpachi e Kagura retornam como a equipe Yorozuya, constantemente à beira da falência, porém sempre alegres. Em um Edo de história alternativa onde as espadas foram proibidas e o Japão foi tomado por invasores alienígenas, eles aceitam qualquer trabalho estranho para sobreviver. Contudo, Shinpachi e Kagura ainda não receberam um único pagamento—será que o Gin-chan está realmente gastando todo o dinheiro no pachinko? Certa noite, após voltar para casa bêbado, Gintoki testemunha a queda de uma nave alienígena nas proximidades. Um membro da tripulação, agonizante, sai rastejando e entrega-lhe um estranho dispositivo em forma de relógio, alertando que ele contém um poder imenso e deve ser mantido em segurança. Confundindo-o com seu despertador, Gintoki quebra o objeto na manhã seguinte, apenas para descobrir que o mundo inteiro fora de seu apartamento está congelado no tempo. Acompanhado por Kagura e Shinpachi, ele parte para consertar o dispositivo; mas, como sempre, nada é fácil para a gangue Yorozuya. Misturando humor irreverente com drama emocionante, a quarta temporada de Gintama lança seus heróis em suas escapadas mais ridículas e suas ameaças mais perigosas até então.