Sinopse
Esta temporada continua diretamente de Zero Duel Masters, mantendo seu cenário alternativo, história e elenco. A única diferença entre as duas temporadas é a mudança da animação 2D para 3DCGI. Ela começa após o duelo entre Shobu e Hakuoh, revelando mais tarde que Hakuoh e Jura estão trabalhando juntos com o principal vilão da série, Professor March, cujo objetivo é assumir o controle de todas as criaturas coletando todos os Duel Orbs.