Dois anos após a Quarta Grande Guerra Ninja, Konohagakure desfruta de paz e harmonia — até que o Sexto Hokage Kakashi Hatake detecta a lua descendo perigosamente em direção à Terra, ameaçando a destruição planetária.
Em meio a essa crise, um novo mal emerge: Toneri Ootsutsuki, que sequestra abruptamente a irmã mais nova de Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi envia uma equipe de ninjas habilidosos composta por Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai e Hinata para resgatar Hanabi do domínio sinistro de Toneri. No entanto, a equipe encontra diversos obstáculos durante sua missão, frustrando suas tentativas.
Com o rapto de Hanabi, os laços compartilhados entre a equipe são postos à prova, e enquanto o mundo vacila à beira da aniquilação, eles devem correr contra o tempo para proteger seu planeta. Enquanto isso, à medida que a batalha se desenrola, Naruto se vê impulsionado a lutar por algo maior do que jamais imaginou — o amor.