A Academia Privada Hachimitsu, uma prestigiosa instituição de internato nos arredores de Tóquio conhecida por seus padrões rigorosos, enfrenta uma mudança drástica quando sua histórica política exclusivamente feminina é abolida para admitir alunos do sexo masculino. No início do novo semestre, apenas cinco rapazes—Kiyoshi, Gakuto, Shingo, Andre e Jo—são aceitos, resultando em uma proporção esmagadora de duzentas garotas para cada garoto. Com dificuldades para se integrar, os garotos inexperientes abandonam suas tentativas de interação social normal e focam no objetivo perigoso de espionar as estudantes nos banhos. Seu plano é rapidamente esmagado pelo notório Conselho Estudantil Subterrâneo, levando à sua prisão imediata dentro do terreno da escola por um mês. Isso marca o início de sua existência brutal em Prison School, uma provação angustiante que desafia tanto suas amizades quanto seu senso distorcido de camaradagem.

Nesta parte

Os cinco alunos da Academia Privada Hachimitsu foram libertados de seus opressivos carcereiros, permitindo-lhes retornar à vida escolar ideal, cercados por garotas de saias curtas. Com sua liberdade recuperada, as coisas não poderiam estar melhores para o grupo. Kiyoshi Fujino e Shingo Wakamoto formaram laços estreitos com suas colegas de classe; Reiji Andou é o centro das atenções por suas tendências masoquistas; e até mesmo Takehito "Gakuto" Morokuzu—notório por se sujar durante a aula—faz amizade com a desajeitada, porém espírito afim, Mitsuko Yokoyama. No entanto, ao contrário de seus ex-colegas de prisão, Jouji "Joe" Nezu tem dificuldade em se readaptar à vida estudantil, e o improvável sucesso romântico de seu amigo Gakuto o leva ao limite. Sentindo-se isolado, ele começa a se perguntar se a vida era melhor atrás das grades.