Sinopse
Duas décadas antes dos eventos da história, um asteroide em rota de colisão com a Terra destrói Plutão. A destruição faz o asteroide, chamado Thanatos, parar, e ele fica estacionário por um tempo. Para evitar a aniquilação iminente da Terra, a Agência Internacional de Desenvolvimento do Sistema Solar (ISDA) realiza o "Projeto D", descobrindo um ovo de dragão sob o oceano e criando o "Dragonaut". Esta arma tem a intenção de destruir o asteroide quando ele retomar sua aproximação. No entanto, a ISDA logo percebe que o asteroide não é o único perigo, já que criaturas destrutivas parecidas com dragões começam a aparecer na Terra. Jin Kamishina, um garoto de 18 anos que perdeu sua família em um acidente de ônibus espacial dois anos antes, testemunha uma dessas criaturas matar alguém. Ele se envolve nos mistérios que cercam os dragões e é escolhido como piloto do Dragonaut. Uma misteriosa garota chamada Toa o salva de cair para a morte depois que a criatura o ataca, e ela o ajuda em sua jornada. À medida que se aprofundam nos segredos dos dragões, eles encontram tanto novos aliados quanto adversários, e seu vínculo se fortalece.