Sinopse
Há muito tempo, uma raça chamada Anjos das Sombras atacou a Terra para drenar a força vital de todos que ali viviam. Através de um milagre extraordinário, os Anjos das Sombras caíram em dormência, permitindo que a humanidade sobrevivesse por mais 12.000 anos sem temê-los. No entanto, 11 anos após uma catástrofe conhecida como Gênese Sagrada devastar o planeta, os Anjos das Sombras despertaram e retomaram seus ataques. Para dar à humanidade uma chance de luta, uma organização chamada DEAVA foi estabelecida, e uma arma robótica chamada Aquarion foi implantada. Para desbloquear todo o potencial de Aquarion, três pilotos devem unir seus corações, corpos e almas — um feito que apenas alguns poucos conseguem alcançar. Consequentemente, a busca pelos chamados 'Usuários de Elemento' tornou-se uma prioridade, na esperança de garantir o futuro da humanidade. Sousei no Aquarion acompanha a história de Apollo, um jovem quase selvagem criado na pobreza, acreditado ser a reencarnação de um herói lendário. Depois que seu melhor amigo é levado pelos Anjos das Sombras, Apollo decide se tornar um piloto de Aquarion. Ele conseguirá virar o jogo da guerra e libertar a humanidade da ameaça dos Anjos das Sombras de uma vez por todas?