Na primavera de 1966, Shin Tsukishima viaja em busca de um rádio de cristal e encontra Yuno Kawazu, uma garota chorando em uma praia em Izu. Seguindo a orientação do Livro do Gênesis, Shin e Yuno se encontram no meio do caminho. As fronteiras entre três mundos começam a se torcer e distorcer.